御祭神は大国主大神(おおくにぬしのおおかみ)、少名毘古那大神(すくなひこなのおおかみ)、建速須佐之男大神(たけはやすさのおのおおかみ)、市寸島比売大神(いちきしまひめのおおかみ)、車折大明神(くるまざきだいみょうじん)。
もと黄幡(おうばん)大明神と称し、比治山南の谷（俗称-黄幡谷）に鎮座していたが、１６４６年３月、現在の社地に移り鎮守社となり、藩政時代には稲荷町三組、東柳町、下段原村、竹屋町南裏、平塚、竹屋村などの産土神として祀られ、当時の藩府より毎年正月門松添木、九月祭礼湯立の薪木を寄付されるなど崇められていた。()

１８６８年（明治元年）神仏分離令の際、社名をあらためて比治山神社と称し、１８７１年（明治４年）拝殿を再建、翌年村社に列せられ、１９０７年（明治４０年）神饌弊帛料(しんせんへいはくりょう)供進社に指定された。
１９４５年（昭和２０年）原爆により本・拝殿消失、１９５４年（昭和２９年）本・拝殿を建立、１９５９年（昭和３４年）神社本庁より別表神社に列せられた。()