御祭神は瓊瓊杵命(ににぎのみこと)、武甕槌命(たけみかづちのみこと)、相殿に天照大御神(あまてらすおおみかみ)、豊受大神(とようけのおおかみ)、豊玉毘女神(とよたまひめのみこと)、
少彦名神(すくなひこなのみこと)、大山咋神(おおやまくいのかみ)、大名持神(おおなもちのみこと)、塞神三柱神(さえのみはしらのかみ)を祀る。
塞神三柱神(さえのみはしらのかみ)とは、衝立船戸神(つきたつふなどのかみ)、八衢比古(やちまたひこ)、八衢比売(やちまたひめ)の三柱の総称。
景行天皇の御代、武内宿禰(たけのうちのすくね)が北陸地方諸国視察により男鹿島へ下向の折、男鹿半島の秀峰湧出山（現在の真山・本山）に登った。この時武内宿禰(たけのうちのすくね)は使命達成、国土安泰、武運長久祈願のために、この地に瓊瓊杵命(ににぎのみこと)、武甕槌命(たけみかづちのみこと)を祀ったのが始まりという。()

平安時代の貞観年中（８５９〜８７７年）に円仁慈覚大師によって湧出山は二分され、北を真山、南を本山としたと伝えられる。それ以降修験の信仰が高まり、天台僧徒によって比叡山延暦寺守護神の赤山明神と習合された。南北朝時代には真山別当光飯寺(こうぼうじ)は天台宗から真言宗に転じ、支配も東北豪族安部氏清原氏藤原氏と移りながらその庇護のもと、修験霊場として一山繁栄を誇った。
江戸時代には国内十二社に指定され、佐竹藩ゆかりの祈願所として数々の寄進崇敬があり、幾多の堂塔伽藍が営まれてきた。明治維新以後は神仏分離令により元の神域に復し、名称も赤神神社から真山神社と改められた。
真山神社の本殿は、今なお真山（567m）山頂に鎮座している。()