天慶年間（９３８〜９４６年）に関東源氏の祖・源経基が７８９年伝教大師作という弁財天女像をこの地に安置したのが始まり。その後１１９７年源頼朝が東国の平安を祈願してお堂を建立したと伝えられる。
徳川家康が江戸入府に際して上水道の整備を行うが、その水源に井の頭池が選ばれ、その上水路が神田川である。「井の頭」とは、三代将軍家光が、江戸の飲料水の源・上水の頭であることから命名した。家光は１６３６年焼失した宮社も再建している。

弁財天（弁才天）はもともとインドのヒンドゥー教の神様サラスヴァティーのことであり、このサラスヴァティーとは聖なる（豊かなる）河といった意味で水の神様とされてきた。また河の（水の）流れの音が、音楽や豊かに溢れる言葉を連想させることから、音楽をはじめとした芸術や学問全般の神様としての信仰を集めた。また日本においては、農業や穀物の神様である宇賀神と習合して、五穀豊穣の神様として、さらには「才」を「財」に置き換えて財宝を授ける神様としての信仰も盛んになった。本堂の裏手に龍の形をした銭洗い弁天があるのもそうした理由がある。