御祭神は、乃木希典命(のぎまれすけのみこと)、乃木靜子命(のぎしずこのみこと)。
１９１２年（明治４５年）７月３０日に明治天皇が崩御、そして大喪の日と決まった１９１２年（大正元年）９月１３日、棺を乗せた車が出発する際の号砲が打たれた午後８時過ぎに、軍事参議官兼学習院長陸軍大将従二位勲一等伯爵乃木希典(のぎまれすけ)は、妻靜子(しずこ)とともに、先帝に殉じて、赤坂の屋敷にて皇居に正対端座し自刃を遂げた。
御祭神の葬儀と同時に幽霊坂と呼ばれていた坂の名前が乃木坂と改められた。()

当時の東京市市長・阪谷芳郎男爵は先頭に立って広く同士を集め、中央乃木会を組織し、乃木邸内の小社に御夫妻の御霊を祀った。
１９１９年（大正８年）に乃木神社創立の許可が下り、明治神宮創建の後に造営され、１９２３年（大正１２年）１１月１日に遷座祭が斎行された。
１９４５年（昭和２０年）５月２５日、未明の空襲により本殿以下社殿を焼失したが、１９６２年（昭和３７年）９月１３日に御祭神の５０年祭に併せて本殿・幣殿・拝殿が復興された。()

（左上）正松(せいしょう)神社　御祭神は玉木文之進正かぬ命(たまきぶんのしんまさかぬのみこと)、吉田矩方松陰命(よしだのりかたしょういんのみこと)。
玉木文之進は幕末維新に際し多くの偉人傑士を輩出した長州藩の学者で松下村塾の開祖であり、吉田松陰は玉木文之進の甥に当たり、その村塾を受け継いで幾多の国士を養成した教育者であった。乃木将軍は松陰の弟弟子として玉木文之進に薫陶し、また松陰を深く敬った。よって乃木神社戦災復興竣成を機に、萩の松陰神社より二柱の分霊を請い受け境内に鎮祭した。
（右上）赤坂王子稲荷神社　御祭神は宇迦之御魂神(うかのみたまのかみ)、宇気母智神(うけもちのかみ)、和久産巣日神(わくむすひのかみ)。
乃木将軍御夫妻また御両親の崇敬が特に篤く、月詣りまでした北区王子に鎮座の王子稲荷神社を、乃木神社戦災復興竣成を機に勧請した神社である。()