御祭神は、須佐之男命(すさのおのみこと)・大山咋命(おおやまくいのみこと)・誉田別命(ほんだわけのみこと)、相殿に大国主命・菅原道真公を祀る。
東京十社の一つ。
創建年代は不詳だが、日本武尊(やまとたけるのみこと)が千駄木の地に創祀したと伝えられる。
文明年間（１４６９〜８７）には太田道灌(どうかん)が社殿を奉建している。
１７０５年、５代将軍徳川綱吉（家光の四男）の養嗣子に家宣（６代将軍）が入ったため、家宣の生まれた山手屋敷（父綱重の別邸）が献納され、千駄木にあった当社を移して社殿が造営された。この社殿は権現造りの本殿・幣殿・拝殿・唐門・西門・透塀・楼門の全てが欠けずに現存し、国の重要文化財に指定されている。()

家宣は綱吉の兄綱重（家光の三男）の長子であったが、綱重が正室を娶る前に生まれている。したがって家宣の胞衣(えな)塚（胎児を包んだ膜と胎盤を埋めた塚）が当社に残っている。
例大祭は根津権現祭とも呼ばれ、江戸三大祭の一つと呼ばれることがある。当時家宣が献納した大神輿３基が現存している。()

（左上）乙女稲荷神社　御祭神は倉稲魂命(うかのみたまのみこと)。社殿両側には奉納された千本鳥居が立ち並ぶ。
（左下）つつじ苑　つつじの名所で、毎年４月中旬〜５月上旬には「文京つつじまつり」が催され、期間中は７千坪の神苑に１００種３０００株ものつつじが咲き乱れ、茶屋・植木市・露店が立ち並び、参拝者で賑わう。()