臨済宗妙心寺派。山号は温泉山。本尊は阿弥陀如来。
出雲国七福神の布袋尊を祀る。
創建は１５００年頃とされ、当初は慶勝院と称していた。その後、１６３７年に瑞岩和尚（円成寺２世）が中興し清巌寺に寺号を改めている。()

また、出雲三十三観音霊場結願札所であった岩屋寺も境内に移っている。
もとは温泉街より手前の岩屋橋を渡り、山道を少し入った史跡岩屋寺古墳の近くにあった。山号を松峯山(しょうぶざん)と称し１７０２年に建立された。本尊は聖観音。１８７２年（明治５年）に清巌寺に合祀された。現在本尊は観音堂に祀られている。()

境内に安置されている「おしろい地蔵」は、その昔、和尚がこのお地蔵様に白粉を塗って祀ったところ、顔面の痣が綺麗に治ったとのこと。それから、このお地蔵様に白粉を塗り、自分の顔につけて祈願すれば美人になる、また自分の体の病気のあるところと同じ部分に白粉を塗って祈願すると治るとも言われ、今も病気平癒の祈願の為に白粉を塗る参詣者があり、今も信仰が続いている。()