御祭神として、日沈宮(ひしずみのみや)は天照大御神(あまてらすおおみかみ)、神の宮(かみのみや)には素盞嗚尊(すさのおのみこと)を祀る。
出雲國神仏霊場第２０番。
延喜式に「御崎社」、出雲国風土記に「美佐伎社」とある古社。()

日沈宮(ひしずみのみや)は「日の出る所伊勢国五十鈴川の川上に伊勢大神宮を鎮め祀り日の本の昼を守り、出雲国日御碕清江の浜に日沈宮(ひしずみのみや)を建て日御碕大神宮と称して日の本の夜を護らん」と天平７年乙亥の勅にあるように、神代以来、現社地にほど近い海岸（清江の浜）の経島(ふみしま)に鎮座してきた。

由来は、素盞嗚尊(すさのおのみこと)の御子神天葺根命(あめのふきねのみこと)が清江の浜に出かけた時、島の百枝の松に瑞光が輝き、「吾はこれ日ノ神なり。此処に鎮りて天下の人民を恵まん。汝速に吾を祀れ」との天照大御神(あまてらすおおみかみ)の御神託を聞き、直ちに島上に大御神をお祀りしたと伝わる。
その後９４８年（天暦２年）、勅命により現社地に御遷座し、神の宮(かみのみや)と併せ、日御碕大神宮と称せられるようになった。そして明治維新後社格制度により国幣小社に列せられ、日御碕神社(ひのみさきじんじゃ)と称するようになった。()

神の宮(かみのみや)の由来は、出雲の国造りをなされた素盞嗚尊(すさのおのみこと)が、根の国に渡り熊成の峰に登ると「吾が神魂はこの柏葉の止る所に住まん」と仰せられ、柏の葉を投げたところ、柏の葉は風に舞い、やがて日御碕の現社地背後の「隠ヶ丘」に止った。これにより素盞嗚尊(すさのおのみこと)の御子神天葺根命(あめのふきねのみこと)はここを素盞嗚尊(すさのおのみこと)の神魂の鎮まる処として斎き祀ったといわれている。日御碕神社(ひのみさきじんじゃ)の神紋、三ツ柏もこれに由来する。その後、安寧天皇１３年（紀元前５３６年）、勅命で現社地に御遷座された。()

現在の社殿は、日沈宮(ひしずみのみや)、神の宮(かみのみや)ともに徳川三代将軍家光公の命で幕府直轄工事として着工され、１０年の歳月をかけて１６４４年（寛永２１年）の竣工で、３６０余年を経ている。桃山時代の面影を残す精巧な権現造りで、御内陣の天井四壁の絵は狩野派、土佐派の画匠による豪壮な趣きのあるものである。１９５３年（昭和２８年）には、社殿のすべてと境内の石造建築物も含め、国指定重要文化財とされた。()