御祭神は猿田彦命(さるたひこのみこと)（猿田彦大神(さるたひこおおかみ)）。西近江七福神（寿老神）のひとつ。()

垂仁(すいにん)天皇２５年皇女倭姫命(やまとひめのみこと)により社殿を再建され、天武天皇白鳳３年勅旨を以て、比良明神の号を賜わる。
後に度々改造され現在の建物(本殿、境内社、伊勢両宮、八幡三所、若宮社等)は１６０３年（慶長８年）豊太閣の遺命によって豊臣秀頼が片桐且元を奉行として再興（御朱印社領一万石）されたものである。()

分霊社も判明するだけで１５０社を数え、古くから皇室武将等の崇敬極めて厚く北海道、九州、隠岐まで御分霊社が奉斎されている。
本殿は１９３８年（昭和１３年）指定の国重要文化財。豊臣秀吉の遺命を受け、秀頼の寄進により１６０３年に建立。檜皮葺き入母屋造りで桃山時代特有の建築物。前の拝殿は本殿と屋根続きで１８７９年（明治１２年）の建築。()