御祭神は第３８代天智(てんじ)天皇(天命開別大神(あめみことひらかすわけのおおかみ))。
１９４０年(昭和１５年)１１月７日、近江大津宮跡に鎮座。
古くから湖国では天智天皇に対する崇敬が厚く、１８９７年（明治３０年）頃より滋賀県民の間から天智天皇を祀る神宮の創建運動が高まり、昭和に入って昭和天皇の御勅許を賜り創建された。社殿は近江造りあるいは昭和造りと呼ばれ、山麓の斜面に本殿・内外拝殿を回廊が取り囲み、近代神社建築の代表的なものとして、国の登録文化財に指定されている。()

天智天皇は第３４代舒明(じょめい)天皇の皇子で中大兄皇子(なかのおおえのおうじ)と言い、６４５年に皇太子として藤原鎌足(ふじわらのかまたり)と共に蘇我入鹿(そがのいるか)を暗殺し、大化改新を断行した。６６７年には都を奈良の飛鳥より近江大津宮へ遷し、わが国憲法の源をなす「近江令」を制定、学校制度を創始して国民教育の道を開き、また戸籍の制定（庚午年籍(こうごのねんじゃく)）、土地制度の改革（班田収授）、最新の科学技術を駆使して産業振興を図るなど、次々に新時代に向けての政策を推進した。()

なかでも漏刻(ろうこく)（水時計）を造り、社会生活の基本である時報を始めたことはよく知られている。６月１０日の「時の記念日」は近江朝廷で時報が開始された日を記念して１９２０年（大正９年）に制定されたもので、毎年この日には近江神宮を時の祖神として崇敬する時計関係者が中心となり、賑々しく漏刻(ろうこく)祭が斎行されている。境内には「時計博物館」が設けられ、和時計をはじめ各種の古時計が展示されている。また境内に設置された水時計や日時計は、時計業界からの献納によるものである。()

また天智天皇の御製「秋の田のかりほの庵の苫をあらみわが衣手は露にぬれつつ」は小倉百人一首の巻頭歌として国民に親しまれ、歌かるたの祖神としても仰がれている。
天智天皇の都・近江大津宮は壬申の乱により５年半で崩壊し、その後その跡は歴史の中に埋もれて幻の大津京とも語られ、万葉集やその後の歌人達により数々の歌が残されている。()