浄土宗本山。山号は八葉山。
本尊は阿弥陀如来・釈迦如来。びわ湖百八霊場第５１番札所。
615年（推古23年）聖徳太子によって建立されたと伝えられ、寺号を法隆寺と称していたが、1276年落雷により焼失した。
その後1284年（弘安7年）当地の地頭であった鎌刃城主の土肥元頼が一向俊聖を招いて再建し蓮華寺と号した。()

歴代天皇の帰依厚く、花園天皇より勅額寺院としての勅許を賜り、寺紋として菊の紋を下賜される。勅使門には菊の御紋が掲げられている。
また、時宗一向派大本山の一大念仏道場として隆盛を極めたが、後に浄土宗に帰属して現在は浄土宗本山である。()

1333年（元弘3年）後醍醐天皇の綸旨を受けた足利尊氏らに攻められた六波羅探題北方の北条仲時が持明院統の光厳天皇､後伏見上皇､花園上皇を伴い東国へ落ち延びる途中､行く手を京極道誉に塞がれ､やむなく天皇､上皇の玉輩を蓮華寺に置いたのち本堂前で一族郎党432名と伴に自刃した。時の住持同阿上人が彼らを憐れみ法名を与え過去帳に登載した。これが『陸波羅阿南北過去帳』で重要文化財である。()

1539年（天文8年）度重なる戦乱で衰微したが浅井亮政に復興を許された。
長谷川伸の小説「瞼の母」の舞台として知られ、番場の忠太郎の故郷として、境内に忠太郎地蔵尊が立てられている。また、蓮花寺49代和尚の門弟であった斎藤茂吉の歌碑もある。()