御祭神は、第一本殿に素戔嗚尊(すさのをのみこと)、第二本殿に伊弉冉尊(いざなみのみこと)、速玉男尊(はやたまのをのみこと)、事解男尊(ことさかのをのみこと)、第三本殿に伊弉諾尊(いざなぎのみこと)を祀る。
平野郷社縁起によると、平安時代初期に征夷大将軍坂上田村麿の子である広野麿が杭全荘を領地として居を構え、その子である当道が８６２年に素戔嗚尊(すさのをのみこと)を祀る祇園社を創建したのが、現在の第一本殿である。()

１１９０年には熊野證誠権現（伊弉諾尊(いざなぎのみこと)）を奉祀した現在の第三本殿が建立、さらに１３２１年に熊野三所権現（伊弉冉尊(いざなみのみこと)、速玉男尊(はやたまのをのみこと)、事解男尊(ことさかのをのみこと)）を勧請した現在の第二本殿が建立された。この時、時の帝後醍醐天皇より熊野三所権現の勅額を賜り、荒廃していた諸殿・諸堂が修復され、詔勅によって熊野権現社が総社となり、第一殿の祇園社と並び称されるようになった。()

明治時代になると社号は杭全神社と定められ、本来の祇園社を本社、熊野三所権現を雑社熊野神社とし、證誠殿を摂社、田村堂を別社、その他を末社と定められた。()