御祭神は、熊野権現の伊弉冉尊(いざなみのみこと)、速玉男命(はやたまをのみこと)、事解男命(ことさかをのみこと)に加え、天照大御神(あまてらすおほみかみ)、家都御子神(けつみこのかみ)と、また琉球古神道神の日の神、竜宮神（ニライカナイ神）、普天満女神（グジー神）と天神・地神・海神を祀る。
別称普天満権現、琉球八社の一つ。
創建については往昔、普天満の洞窟に琉球古神道神を祀ったことに始まり、尚金福王(しょうきんぷくおう)から尚泰久王(しょうたいきゅうおう)の頃（１４５０〜６０年）熊野権現を合祀したと伝えられている。なお普天満宮は熊野那智に、末吉宮を熊野新宮に、識名宮を熊野本宮に見立てて信仰されていたようである。()

当宮の縁起伝承には、首里桃原に女神が出現され、後に普天満の洞窟に籠もられたという。さらにその後、洞窟より仙人が現れ「我は熊野権現なり」と御神威弥高に示されたという。また中城間切安谷屋村の百姓夫婦や美里間切東恩納村の「当ノ屋（屋号）」に黄金（神徳）を授け苦難を救ったという伝承がある。
１９４５年（昭和２０年）戦時中は当時の社掌が御神体を奉持して糸満へ避難した。戦後は社掌の出身地である具志川村（現うるま市）田場に仮宮を造って祀り、その後、普天間の境内地が米軍より解放されると、１９４９年（昭和２４年）２月、元の本殿に還座した。１９７２年（昭和４７年）本土復帰に伴い宗教法人格を取得した。現在の社殿は２００４年（平成１６年）に再建されたものである。()

普天満宮洞穴　全長約２８０ｍ、洞口が二ヶ所、大きな広場が三ヶ所ある。その一つは奥宮(おくのみや)になっている。
約二万年前の琉球鹿、琉球昔キョン、イノシシなどの化石も発見され、１９９１年（平成３年）に宜野湾市文化財「名勝」に指定されている。
当宮授与所にて申し込めば無料で参拝可能。()