御祭神は大分県縁故の殉国の英霊四万四千余柱。
１８７５年（明治８年）１０月１８日、大分県初代県令森下景端が、国家のため尊い命を捧げられた人々の御霊を慰め、その遺功を後世に伝えるために、この松栄山の地に「招魂社」を創建したのが始まり。()

最初は１８７４年（明治７年）の佐賀の乱と台湾出兵で戦死した人々に併せて、明治維新の動乱の際に戦死した勤王の志士が祀られた。以来、西南の役、日清戦争、日露戦争等から大東亜戦争にいたるまでの戦没者四万四千余柱が祀られている。終戦後は殉職した自衛官の御霊も合祀されている。()

１９３９年（昭和１４年）４月「招魂社」から「大分縣護國神社」と改称した。その後、１９４５年（昭和２０年）の終戦の年まで代々の県知事が神社の奉賛会長をつとめた。創建当時は展望台の位置に社殿があったが、１９４３年（昭和１８年）１０月２８日に現在の社殿が完成したことにより遷座祭が行われた。
戦後の１９４７年（昭和２２年）、「大分縣護國神社」は「豊霊宮」と改称したが、日本国が独立を回復した１９５２年（昭和２７年）９月に再び「大分縣護國神社」と元の社号にもどった。()