別称三井(みい)寺。三井の地名は聖徳太子が飛鳥より三つの井戸をこの地に移したことからおこったと伝えられる。創建は飛鳥時代、聖徳太子の子・山背大兄王(やましろのおおえのおう)が太子の病気平癒を願い、その子由義王とともに建立したと伝え、また一説には、百済開法師(くだらかいほうし)・円明師(えんみょうし)・下氷新物(しもひしんもつ)三人合力して造寺したともいう。１９５０年（昭和２５年）の発掘調査では、法隆寺式伽藍配置であること、規模は法隆寺伽藍の三分の二であることなどが明らかになり、七世紀中には寺観が整っていたと考えられる。また平安仏を多く伝えることから、平安時代には寺盛なお盛んであったことがうかがえる。その後、しだいに衰退し、江戸時代初頭には、境内に三重塔を残すのみとなった。再興は享保年間に寳祐(ほうゆう)上人によってはじめられた。まず三重塔が修理され、さらに講堂、金堂と順次再建され、長い年月をかけて現在にいたる伽藍が再興されていったと伝えられる。()

（左上）三重塔　斑鳩三塔の一つであった国宝三重塔は、１９４４年（昭和１９年）７月２１日落雷で焼失した。全焼のため国宝指定は解除になったが、１９７５年（昭和５０年）独力でようやく再建できた。塔内には旧塔焼失時に取得できた仏舎利を心礎に釈迦如来坐像と四天王像（ともに平安時代）を初層に安置している。
（右上）金堂　１７６１年再建。収蔵庫ができるまで諸仏を安置していた。()

（左上）講堂　１９６０年（昭和３５年）耐火耐震の収蔵庫として改築されたもの。
（右上）妙見堂　２００３年に竣工したもの。秘仏妙見菩薩像を安置し、星祭りや毎月の護摩供などを修する行堂。()