真言宗御室派。山号は医王山(いおうざん)。本尊は薬師如来座像。
九州八十八ヶ所百八霊場第６５番札所、九州三十三観音霊場第２４番札所。
１６１６年に岡山より訪れた龍宣和尚が、当時長崎で流行していた疫病を治すことと港を出入りする多種の船舶の海上安全を祈願するために建立された。このことがあって以来、長崎奉行所の祈願所となり、その庇護のもと、１６２１年に諸堂を建立した。往時は長崎界隈総祈願所として隆盛していた。()

明治の廃仏毀釈で廃寺寸前となり小堂のみとなるが、明治末期以降に本堂と大師堂を合併して再興された。
１９２４年（大正１３年）から尽力してきた老人福祉事業でも知られる。()

八十八ヶ所霊場　１９５３年（昭和２８年）に２２世堤祐演大僧正の発願により、長崎四国八十八ヵ所霊場を開創した。延命寺には第１番と第３３番を置いており、春と秋に巡拝されている。()