主祭神は、天照大御神(あまてらすおおみかみ)、大己貴命(おおなむちのみこと)、少彦名命(すくなひこなのみこと)。
また九州総守護の神々（四柱）を祀る。
・白日別命(しらひわけのみこと)：筑紫国
・豊日別命(とよひわけのみこと)：豊国
・豊久土比泥別命(とよくじひねわけのみこと)：肥国
・建日別命(たけひわけのみこと)：熊曾(くまそ)国()

神仏習合の明治維新までは四面大菩薩を御祭神とする四面宮であり、代々領主の祈祷所として、また諫早地方の中心社寺として維持され、「おしめんさん」の名で親しまれていた。
創始は、奈良時代７２８年に、聖武天皇の勅願により、行基菩薩が当地へ赴いて石祠を祀ったのが始まりと伝わる。
慶長年間（鎌倉時代）に領主西郷氏が社殿を建立、１５８７年に新領主となった龍造寺氏（のちに諫早氏と改姓）が諫早領の宗廟として境内地神宮寺として五智光山荘厳寺（真言宗）を創建した。
しかし明治時代の神仏分離令により、並祀していた荘厳寺は分離されることとなり本尊などは近くの寺院に移設された。その際に、社名を四面宮から「諫早神社」と改称した。()

当宮は、創始から九州総守護の神社である「四面宮」として鎮座していた。御祭神の神々は、『古事記』の国生み神話の中で、九州（筑紫島）が誕生する際の「身一つにして面四つあり」の故事に由来する。四面宮の総本社は、雲仙に鎮座する温泉(うんぜん)神社である。()

（左上）アマビエさま木像　アマビエは江戸時代に熊本の海に現われた疾病退散のご利益で知られる妖怪である。この木像は境内造成の際に保管していたクスノキを活用して、諫早市在住のチェーンソーアート日本一の方が製作奉納したもの。
（右上）飛び石　本明川には、昔から川面に飛び石が２ヶ所設置され、本明川を渡る唯一の通路として利用され、また主婦たちの洗濯をしながらのコミュニケーションの場でもあった。しかし、１９５７年（昭和３２年）の諫早大水害で「飛び石」を含めて神社の鳥居や境内のもの全てが流され荒廃した。今の鳥居は諫早大水害後に建てられたもので、現在の「飛び石」も１９８５年（昭和６０年）にフジテレビ系列で放送された市川森一氏脚本のテレビドラマ「親戚たち」がきっかけとなって復元されたもの。
本明川の架橋（国道２０７号）四面橋は、四面宮が名称の由来となっている。()