ご祭神は初代天皇・神武天皇（神日本磐余彦天皇(かむやまといわれひこのすめらみこと)）。
創建は文武天皇の御代（６９７〜７０７年）と伝わる。
初代神武天皇の幼少時の少宮趾として伝えられている。()

日向シャンシャン馬発祥の地　日向国神祇史によると鵜戸神宮の縁起に関連して「駒宮アリ、神武天皇ガ舟ツリヲサレシ折、龍神カラ賜ツタ龍石（たついし）トイフ龍馬ヲ祀ル。折々鵜戸ノ父君ノモトニ通ヒ給ヒシ時ノ駒繁ノ松跡、駒形石ナド古蹟ガアル。」と記されている。また天皇がこの地をあとに宮崎の宮殿に向かわれた時、途中宮崎へ四キロ、現在の「立石」の地に愛馬龍石号を放たれたという立石は、龍石号の名が立石の地名になったもので、その後、牧奉行が置かれ駒追の際には必ず駒宮に参る風習から、例祭には近郷の多くの農耕馬が馬齢をつけ着飾り、馬踊りの奉納や馬の競り売り等で賑わいを極め、シャンシャン馬の姿が誕生した。()

（上下）御鉾の窟跡　本殿の左後方にある巨岩。天皇が宮崎の宮に向かわれる時に、此の巨岩の下の窟（いわや）にご愛用の御鉾（ほこ）を納められたと伝えられている。()

（上）草履石・駒形石跡　神川と呼ばれる小川のほとりにある古蹟。神武天皇が御足を洗われたり、愛馬龍石をよく洗われ手入れされ、天皇の草履の跡と龍石の足跡が小川沿いの岩に残ったと伝えられる。()