御祭神は、天孫瓊瓊杵尊(ににぎのみこと)を主祭神に、皇祖日向三代とその皇后、
　　木花咲耶姫尊(このはなさくやひめのみこと)（瓊瓊杵尊(ににぎのみこと)の妻）
　　彦火火出見尊(ひこほほでみのみこと)（瓊瓊杵尊(ににぎのみこと)の子で山幸彦）
　　豊玉姫尊(とよたまひめのみこと)（彦火火出見尊(ひこほほでみのみこと)の妻）
　　鵜草葦不合尊(うがやふきあえずのみこと)（彦火火出見尊(ひこほほでみのみこと)の子で神武天皇の父）
　　玉依姫尊(たまよりひめのみこと)（鵜草葦不合尊(うがやふきあえずのみこと)の妻）
また雛守神社の御祭神で降臨時に先導した猿田彦大神(さるたひこのおおかみ)、御門を守る櫛磐間戸(くしいわまど)・豊磐間戸(とよいわまど)の神、雲龍の御柱の五帝龍神、罔象女神(みつはのめのかみ)の十八柱の大神などが祀られている。()

雲龍の御柱は、五帝龍神（雨乞い）と罔象女神(みつはのめのかみ)（水）であり、この二柱に護られて奥座に瓊瓊杵尊(ににぎのみこと)が鎮座され、日本農耕文明の大神であり一つの物語になって御神殿は創られている。
創建は、文字のない時代であり定かではないが、日本最古の歴史的神社であるといわれ、大古霧島の高千穂の峰の中腹脊門尾(せとのお)の地に鎮座し、１２３４年御鉢の大噴火とその後の韓国岳、新燃岳の火山活動により、数遷座後、この聖地に遷座した。()