ご祭神は、底筒男命(そこつつのおのみこと)、中筒男命(なかつつのおのみこと)、表筒男命(うわつつのおのみこと)、神武天皇。
神武天皇御東遷御船出之地といわれ、神武天皇が美々津港より船出するに当り、航海の安全を祈念し、この埠頭に住吉大神（底筒男命(そこつつのおのみこと)、中筒男命(なかつつのおのみこと)、表筒男命(うわつつのおのみこと)の三神）を奉斎したとして、第１２代景行天皇の御代に創祀されたといわれる。()

１５７８年（天正６年）に大友氏と島津氏の耳川の合戦の戦火により、社殿及び宝物、貴重なる文献等を焼失したが、１６２３年（元和９年）に再興された。
境内には、神武天皇が座られたという「神武天皇御腰掛之磐」があり、玉垣を巡らして岩そのものを神武天皇の御神体として崇拝されている。()

１９３４年（昭和９年）には、神武天皇が美々津港を御船出され２６００年に相当することを祝う記念事業として、境内の拡張、社殿の修築が行われた。
主なものは、�@ 境内を更に拡張整備、�A 竜神バエの岩上に住吉灯籠を摸したる神のみあかし灯台を設置、�B 日本海軍発祥の地の記念碑を建立、�C おきよ丸御東行巡路漕舟大航軍を挙行、これは日向国の青年１５０名が漕舟して美々津港を船出し途中天皇がその昔寄港せられたという由緒ある処に寄港しつつ、其月浪波に上陸御楯を奉持陸路橿原神宮に奉納した末曽有の大行事であった。()

橋口氏庭園　県指定名勝。池泉観賞式。初代橋口氏が天文年間（室町時代末期）日向国の要衝であった美々津の愛宕神社祠官として移住した頃より作庭されたものと伝わる。愛宕山南側の岩盤を自然のまま利用し、その西側に池石組、樹木を配し、中心部を築いている。()

国選定　日向市美々津重要伝統的建造物群保存地区　美々津は古い歴史を持つ港町で、中世には集落が営まれていたと考えられ、江戸時代には高鍋藩の商業港として重要視され、藩主秋月氏もこの港を参勤交代に利用していた。保存地区に選定されたこれらの町は、江戸時代から明治時代の平入・妻入建物が数多く残されている。()