主祭神は伊邪那岐命(いざなぎのみこと)（伊弉諾尊）、伊邪那美命(いざなみのみこと)（伊弉冉尊）、相殿に瓊瓊杵尊(ににぎのみこと)、猿田彦大神(さるたひこおおかみ)、菅原道真公を祀る。
二上山(ふたかみやま)天孫降臨の聖地の山岳信仰に関わる神社。｢日本書紀｣や｢日向風土記」では、天孫瓊瓊杵尊(ににぎのみこと)が降臨された山と伝えられている。二上山は男嶽・女嶽からなる二つの峰で男嶽（１０６０ｍ）の９合目に奥宮がある。()

平安時代昌泰年間（８９８〜９０１年）頃に創建。江戸幕府第１１代将軍徳川家斉の時代に、当時の延岡藩主の篤い信仰から、豊後の宮大工棟梁牧彦兵衛以下１５名が招かれ、後の世に伝わる見事な社殿彫刻が施された。()

（左上）脇社　花堂、夏堂と言われており、花や水をお供えするための閼伽棚(あかだな)の厄割を果たしていたと推定される。正面を除く三面の羽目板に張果老(ちょうかろう)、王子喬(おうしきょう)、東方朔(とうほうさく)（三人の仙人）の線彫りの彫刻が施されている。脇社の彫刻は不思議な力を発揮する仙人のように、脇社の神が力を振って本殿を守護し、主祭神の御神威を守ったと推測される。()

脳の海馬をまもるお守り「海馬守」がある。脳の海馬は記憶に関わる大切なところで、心理的なストレスは海馬を傷つけてもの忘れやさまざまな障害を引き起こすと言われている。本殿正面の海馬の彫刻に因んでのお守りである。()