御祭神は当初、天児屋根命(あめのこやねのみこと)と天太玉命(あめのふとだまのみこと)を祀る。この二柱は天孫降臨時に瓊瓊杵尊(ににぎのみこと)の左右を補佐したところから、兩羽(もろは)大明神と称したという。８６２年に清和天皇の勅命で、この地に社殿を建てたのが始まりとされる。
この後、後柏原天皇の御世の永正年間（１５０４〜１５２０年）より、正殿に応神天皇、脇殿に伊奘諾尊(いざなぎのみこと)・素戔鳴尊(すさのおのみこと)・若宮八幡を合わせ祀るようになり、社名の「兩羽」の文字も「諸羽(もろは)」に改められた。()

往古の社殿は応仁の兵火により焼け、その後もしばしば火災に遭った。
当社は、山科一八郷の中で第四番目に当たるとされ、古くは「四ノ宮」と呼ばれて、この付近の産土神(うぶすなのかみ)として人々に崇敬された。
神社の背後の山は諸羽山といい、平家物語の中に、「木曽、もろは山の前、四の宮川原に打出で・・・」と記されているのは、当社周辺のことである。()