創建時は天台宗に属し、比叡山三千坊の一つであったが、現在は曹洞宗永平寺派天寧寺の末寺で神遊山(しんゆうざん)金地院(こんちいん)と号する。古来は隣接する山科神社の神宮寺であったと伝えられる。
近畿三十六不動尊霊場第２４番札所。
赤穂義士・大石良雄（通称大石内蔵助(くらのすけ)）の隠棲地として有名で大石寺とも呼ばれる。
本堂に安置する本尊大聖不動明王は智証(ちしょう)大師の作とされ、大石良雄の念持仏であったという。また、大石良雄の遺髪塚及び宅址もある。()

大石良雄は赤穂城明け渡しの後、ここに隠れてひそかに討ち入りの謀を巡らしたが、事成った後、邸宅、田畑等一切を岩屋寺(いわやじ)に寄進した。その後、一時は荒廃したが、嘉永年間（１８４８〜１８５４年）に京都町奉行浅野長祚(ながとし)らの寄付を受けて再興した。
境内には本堂と１９０１年（明治３４年）に建立された木像堂があり、浅野内匠頭(たくみのかみ)長矩(ながのり)公の位牌をはじめ、四十七士の木像や位牌、大石良雄の遺品等が安置されている。１２月１４日には義士忌(ぎしき)が行われ、「山科義士まつり」で知られる討ち入り当時を再現する行列が訪れる。()