稱徳(しょうとく)天皇（７６４〜７７０年）の開基により山城国愛宕(おたぎ)郡（現在の北区・左京区）に愛宕(おたぎ)寺として建立された。平安朝の初め、鴨川の洪水により堂宇が流出したため、天台宗の僧阿闍梨(あじゃり)伝燈大法師(でんとうだいほつし)千観内供(せんかんないぐ)（９１８〜９８４年）によって再興された。これより天台宗比叡山の末寺となり等覚山(とうかくざん)愛宕院(おたぎいん)と号した。また千観は生涯仏名を唱えて絶えることがなかったので、世に念仏上人ともいわれ、当寺を愛宕(おたぎ)念仏寺と称するようになった。()

それから後、１９２２年（大正１１年）堂宇の保存とあたご山との信仰的な関係から現在地に移築された。
１９９１年（平成３年）１１月、寺門興隆を祈念して、１２００人の一般参拝者の手によって彫られた羅漢像の「千二百羅漢落慶法要」が行われた。()