天台宗。法然上人二十五霊場第１７番。
本尊に釈迦如来と阿弥陀如来の二尊を祀るため二尊院と呼ばれるが、正しくは「小倉山二尊教院華台寺(けだいじ)」という。嵯峨天皇の勅願により慈覚大師(じかくだいし)が承和年間（８３４〜８４７年）に開山。「百人一首」で名高い小倉山の東麓にある。()

応仁の乱（１４６７〜１４７７年）により諸堂が焼失したが、本堂、唐門（勅使門）は約３０年後に再建された。唐門「小倉山」後柏原天皇の勅額、本堂「二尊院」後奈良天皇勅額はこのとき下賜されたもの。
旧摂関家の「二条家」「鷹司家」「三条家」「四条家」、香道の創始家でもある「三条西家」や「角倉家」など豪家の菩提寺。()

本堂（京都市指定文化財）は京都御所の紫宸殿(ししんでん)を模して造られ、内陣も内裏のお内仏と同様に造られている。外陣の床はうぐいす張りである。総門（京都市指定文化財）は豪商角倉了以(すみのくらりょうい)が伏見城の「薬医門」を１６１３年に移築したもの。参道は「紅葉の馬場」といわれ秋には紅葉が美しいところ。山中の「時雨亭跡」は藤原定家が百人一首を撰定した場所として名高い。()