西山宗本山。平安時代１０７４年に源算上人が草庵を結んで北尾往生院と号したのが始まり。
京都洛西観音霊場第５番札所、西山国師遺跡霊場第１２番札所。
源算上人の後は、二祖観性法橋、三祖慈鎮和尚（慈円）と続き、次いで１２１３年に法然上人門下の證空善恵国師すなわち西山上人が伝燈した。
上人は浄土宗西山派の派祖であり、ここを不断如法念仏道場とするとともに名も三鈷寺と改めた。これは背後の山容が仏器の三鈷杵に似ているからと言われている。()

１２４７年、西山上人入滅、上人に深く帰依した実信房蓮生(れんしょう)（宇都宮頼綱）が塔を建て観念三昧院華台廟と称し歴代法燈され今日に及ぶ。
中世は浄土宗西山派の根本道場として多くの寺領を有したが、１４６７年応仁の乱にて堂宇が荒廃し、その後の再興は思わしくなく、今日まで幾多の変遷を経て、１９５１年（昭和２６年）５２世台龍上人の徳望により四宗兼学（天台、真言、律、浄土）の西山宗本山として独立し、平成大修理が２００２年（平成１４年）春に完了し現在に至る。()

江戸時代に書かれた「都名所図会」に「二大仏七城俯瞰の地」と記され、比叡山を始めとする東山三十六峯、宇治、木津方面と京都盆地が一望できる。()