真言宗豊山派。山号は大慈山(だいじざん)。京都洛西観音霊場第６番札所。
７世紀頃に推古天皇勅願、聖徳太子創建と伝えられている。()

７８４年に桓武天皇が長岡に遷都した際、京内七大寺の筆頭として乙訓寺を大増築した。この当時の境域は、南北百間以上もあり、建てられた講堂は九間に四間の大増築で難波京の大安殿と同じ規模のものであった。翌年、藤原種継が春宮房の人々に暗殺されるや、天皇は早良(さわら)親王を当寺に幽閉した。
なぜなら早良(さわら)親王は桓武天皇の実弟で皇太子であったが、暗殺団と見られた一味と交流があったからである。親王は身の潔白を示すため断食して訴えたが、１０余日後、流罪処分となり淡路島に護送途中、淀川べりで絶命、遺骸はそのまま送られ、淡路島に葬られた。その後、天皇の母、皇后の死、皇太子の重病が続き、また悪疫の流行、天変地異が発生した。朝廷は事件１５年後に早良(さわら)親王を復権、崇道(すどう)天皇と追号し、陵墓を奈良に移すなど措置を講じた。()

また嵯峨天皇は８１１年１１月９日太政官符をもって弘法大師を乙訓寺の別当にした。大師は、八幡明神の霊告をうけて合体の像を造り、また毘沙門天像を刻んで国家の豊楽を祈り、あるいは境内に実る柑子(かんす)を朝廷に献上し、伝教大師と法論をかわしている。
その後、永禄年間（１５５８〜１５６９年）信長の兵火により一時衰微したが、１６９３年五代将軍綱吉は、堂宇を再建して乙訓寺法度をつくり、寺領を寄せ徳川家の祈願寺とした。()

４月中旬から５月初旬にかけて牡丹が花ひらき、これに前後してつつじなども咲き花の寺となる。この牡丹は１９４０年（昭和１５年）頃、長谷寺より献木されたもの。
牡丹が咲き誇る以前の乙訓寺は、表門から本堂まで続く松の並木が美しいことで有名であった。それらが、１９３４年（昭和９年）の室戸台風でほとんど倒木し、応仁の乱も生き延びたというモチの木、菩提樹も多大な損害を受けることになった。被害が著しい境内を見た長谷寺第６８世能化海雲全教和上が本尊への供花、荘厳花として、また同時に参拝者にしばしの安らぎを念じ、多年育てた牡丹のうち二株を寄進したのが始まりである。
その後、歴代住職らの尽力により株数も増え、今では約二千株の花が美しく境内を彩っている。()