御祭神は六孫王大神、天照皇大御神、八幡大神。六孫王大神は清和天皇の孫にあたり、父は天皇の六男貞純親王の御子として生まれ、「経基(つねもと)」と名付けられたが、天皇の第六皇子の孫であることから「六孫王」と呼ばれていた。
経基王は現在の社地に住居を構え、臨終に臨み「霊魂滅するとも龍（神）となり西八条の池に住みて子孫の繁栄を祈るゆえにこの地に葬れ」と遺言した。そこで経基の長子である満仲(みつなか)が、邸宅「八条亭」の跡地に父を祀るため創建した。()

経基王は文武両道に優れ、清和源氏の始祖で源氏姓を賜り、承平・天慶の乱（９３９〜９４１年）においても武家の棟梁として、平将門・藤原純友の起こした乱を鎮定した。後代には源頼朝、義経、義家、為朝、頼光、義仲等といった源平合戦の武将や足利、武田、新田、島津、細川、今川、山名、明智、徳川等といった大名を多数輩出した。そこで清和源氏の祖である経基を祭神とするため「清和源氏発祥の宮」と称されている。()