本門法華宗大本山。開山は日蓮上人の孫弟子の日像(にちぞう)上人。山号は卯木山(うぼくざん)。
１２９４年に造酒屋の柳屋仲興(やなぎやなかおき)が日像(にちぞう)上人に帰依して、西洞院五条の邸を寺に改め、妙法蓮華寺また屋号にちなんで柳寺と称したのが始まり。
応永年間（１３９４〜１４２８年）に、日存、日道、日隆、日慶らが、大宮通四条下ルに伽藍を移築造営し、妙蓮寺と改めた。山号卯木山(うぼくざん)は柳の文字を分けたもの。
１４４０年頃、堀川四条に移転、１４４９年には伏見宮家と関係深い日応を迎えてから、皇族や要人の参詣が多くなり、日忠が学室道輪寺を創立し、本化教学の道場を開き隆昌を極めた。()

１５３６年、比叡山の山法師や他宗の僧等に襲撃され荒廃し、堺の法華寺に一旦立ち退くことになる（天文法難）。
１５４２年に帰洛の勅許を得、大宮西小路に復興、更に１５８７年の豊臣秀吉が聚楽第(じゅらくだい)造営のとき、現在地に移った。現在の建物は、天明の大火（１７８８年）後の再建である。
玄関、奥書院の襖絵は、長谷川等伯(とうはく)一派の筆といわれる濃彩の金碧(こんぺき)画で、庭内の奇石とともに秀吉が寄進したものと伝える。なお、寺宝には、本阿弥光悦(ほんあみこうえつ)の筆になる立正安国論(りっしょうあんこくろん)（重要文化財）などがある。()