浄土真宗遣迎院派。
１５９４年、豊臣秀吉の側室淀殿が父浅井長政の追善のため、長政の２１回忌に秀吉に願って建立、長政の院号を寺号とした。程なく火災で焼失したが、１６２１年徳川秀忠が淀殿の妹で夫人の崇源院の願により、伏見城の遺構を用いて再建したのが今の本堂である。以来徳川家の菩提所となり、歴代将軍の位牌を祀っている。
本堂の廊下の上の天井は、関ヶ原の合戦前、家康の命を受けて伏見城を死守した鳥居元忠以下の武士が自刃した時の廊下の板を天井に上げ、その霊を弔ったもので、俗に血天井として知られている。

本堂の杉戸及び襖絵は俵屋宗達の筆によるもので、杉戸には唐獅子、白象、麒麟等が奇抜、新鮮に描かれており、中学・高校の美術の教科書にも用いられている。