御祭神は、主祭神に加藤清正公、陪神に大木兼能(かねよし)公、韓人金官(かんじんきんかん)公を祀る。
加藤清正（１５６２〜１６１１）は、戦国時代の武将で、日本三名城・日本三堅城の一つである熊本城の築城と、それに始まる富国安民の国づくり政策を推し進めた。()

１８６８年（慶応４年）熊本藩主細川韻邦の弟である長岡護美の建議により１８６８年（明治元年）朝廷より神祭仰出され、浄池廟を神道儀式にて守護された。
そして１８７１年（明治４年）神仏分離の際、熊本城内に神宇を創建し錦山神社と公称した。そのとき神祇官を経て大木兼能(かねよし)公、韓人金官(かんじんきんかん)公の両霊が合祀された。()

１８７３年（明治６年）に熊本鎮台が置かれ城内が陸軍用地に編入されたため、京町台に改築遷座奉祀された。
１８７７年（明治１０年）西南の役で社殿は焼失したが、御神体は事前に健軍神社に移し奉護されている。
１９０９年（明治４２年）清正公三百年祭が斎行され、社号が加藤神社に改称され、１９６２年（昭和３７年）に永年の熊本城内遷宮の宿願叶い現在地に遷宮された。()