御祭神は箱根大神。箱根大神とは瓊瓊杵尊(ににぎのみこと)、木花咲耶姫命(このはなさくやひめのみこと)、彦火火出見尊(ひこほほでみのみこと)の総称。高天原に座す天照大神(あまてらすおおみかみ)の神勅を奉じて、日向の高千穂峯に降り立った天孫瓊瓊杵尊(ににぎのみこと)は、地神大山祇神(くにつかみおおやますみのかみ)の娘木花咲耶姫命(このはなさくやひめのみこと)と結婚し、彦火火出見尊(ひこほほでみのみこと)が誕生した。この三神を御祭神として箱根大神と崇め奉る。
駒ケ岳山頂に鎮座。駒ケ岳は北に霊峰神山を拝し、古代祭祀＝山岳信仰が行われたところ。起源は、人皇５代孝昭天皇の御代（紀元前４７５〜３９３年）に聖占(しょうぜん)仙人が神山に鎮まる山神の威徳を感応し、駒ケ岳山頂に神仙宮を開き、次いで利行丈人、玄利老人により神山を天津神籬(あまつひもろぎ)とし、駒ケ岳を天津磐境(あまついわさか)として祭祀したのに始まる。その後、人皇２９代欽明天皇の御代（５３９〜５７１年）に仏教が伝来し、神仏習合で修験者等が錬行苦行する霊場として有名になった。

奈良時代の人皇４６代孝謙天皇の御代（７４９〜７５８年）、高僧の万巻上人が入峰し、霊夢をうけて箱根三所権現として奉斎、７５７年に山麓の芦ノ湖畔に社殿を造営し、里宮としたのが現在の箱根神社である。山頂の箱根元宮は、奥宮として１９６４年に西武グループ創業者の堤康次郎氏の寄進により建立された。箱根元宮に本殿はなく、拝殿の扉を開くと正面に神体山の神山を仰ぐ。

（上）白馬の伝説　注連縄が張ってあるのを馬降石と言い、白馬に乗って神様が降臨された岩とされている。表面の窪みは馬の蹄跡で、穴にたまる水は日照りにも枯れたことがないといわれている。参道の右側には馬乗石がある。

駒ケ岳
標高１３５７ｍ。箱根の中央火口丘の一つで、神山に次ぐ高い山である。箱根の山岳信仰では古くから神山を神と仰ぎ、駒ケ岳山頂はその祭りの庭とされてきた。
山頂にはハコネコメツツジ、コイワザクラ、ハコネトリカブトなどが見られる。