曹洞宗。山号は法智山(ほうちざん)。本尊は釈迦牟尼仏。
九州四十九院薬師霊場第２６番札所。
１３９０年に長門・周防守護大名の大内義弘公の寄進により、石屋真梁(せきおくしんりょう)禅師を開山とする。寺号は大内公の亡息女「法智妙円大姉」（戒名）にちなむという。()

もとは現在の徳重神社の場所に建立されたが、明治維新の廃仏毀釈によって壊され、１８８０年（明治１３年）に現在の地に移転復興した。
中興は島津氏１７代義弘公で、晩年に幼少を過ごした伊集院の城山・一宇治城下に再建し、京仏師に命じて自像を彫り、これを納めて菩提寺とした。江戸時代は「妙円寺詣り」と称して栄華をほしいままにした。()