天台宗。山号は紫雲山。
びわ湖百八霊場第１２番札所（湖西第１２番札所）、湖国十一面観音霊場第３番札所。
７９０年、最澄の自刻の地蔵菩薩像を本尊とした地蔵教院を建立したことに始まるという。()

１００１年、比叡山横川の恵心(えしん)僧都(そうづ)源信(げんしん)が念仏道場として改称し現在の寺名となる。「聖衆来迎」は臨終に際して西方極楽浄土から阿弥陀如来と諸々の菩薩が現れ迎えに来るという意味で、浄土信仰からきている。
その後１５２７年に真玄（近江守護六角高頼の五男高信）が再興した。さらに真玄は、京都にあった天台宗寺院・元応寺（元応国清寺とも）第３７世真雄を戒師とした関係で、元応寺の本尊を聖衆来迎寺に移し合併した。元応寺は後醍醐天皇の勅願寺で、現在の京都市左京区岡崎にあり、中世には法勝寺と並ぶ円戒（天台宗の戒律）の道場であったが、応仁の乱によって焼失し廃寺になっていた。()

当寺墓地には森蘭丸(らんまる)の父・森可成(よしなり)の墓がある。１５７０年の坂本合戦で戦死した可成の遺体を住職が山内に葬ったもので、翌年の信長の比叡山焼き討ちでも当寺は焼かれなかったと伝わっている。それゆえに当寺は近江の正倉院と呼ばれるほど貴重な寺宝を多く伝存している。()

当寺は観光寺でないため拝観が主ではない。したがってご朱印（押印、揮毫(きごう)、祈願済）も下のように用意されている。各自で志納金を箱に納めて、ご朱印を頂いて帰る。お釣りがないように小銭を用意していくべき。()