東寺真言宗。西国三十三所観音霊場第１３番札所、神仏霊場滋賀１４番。
開基は良弁僧正。奈良に大仏を作ることを企画した聖武天皇は、それを用いる黄金の調達を良弁僧正に命じ、その良弁僧正が、蔵王権現のお告げのあったこの石山の岩の上で如意輪観世音菩薩を安置し祈祷したのが始まりと伝えられる。
東大門は源頼朝の寄進により建てられたとされ重要文化財に指定されている。そのほかにも多宝塔（国宝)、鐘楼（重文)が寄進されている。()

境内の本堂は、滋賀県最古の木造建築物とされており、巨大な硅灰石の上に建てられている。
硅灰石とは、石灰岩が地中から突出した花崗岩と接触し、その熱作用のために変質したもの。「石山」という名称はこの硅灰石に由来している。()

本堂内にある「源氏の間」は、紫式部が『源氏物語』の構想を得たところと伝えられている。
「右少弁藤原為時の娘、上東門院の女房であった紫式部は一条天皇の叔母の選子内親王のためにと、女院から物語の創作を下命され成就を祈願するため当寺に七日間参籠した。心澄みわたり、にわかに物語の構想がまとまり、書き始めた」『石山寺縁起絵巻』にはこのように記されているとのこと。()