もとは旧県社の香橘神社(こうきつじんじゃ)で、戸渡嶋神社(ととしまじんじゃ)、岩栗神社(いわくりじんじゃ)が合祀され、１９６２年（昭和３７年）に伊萬里神社と改称した。
御祭神は第３１代敏達天皇皇子難波王、７世の皇孫葛城王橘諸兄命(たちばなのもろえのみこと)、伊弉諾尊(いざなぎのみこと)、伊弉冉尊(いざなみのみこと)、天忍骨尊(あめのおしほねのみこと)（以上が香橘神社の御祭神）、底筒男神(そこつつのおのかみ)、中筒男神(なかつつのおのかみ)、上筒男神(うはつつのおのかみ)、海津見神(わだつみのかみ)（以上が戸渡嶋神社の御祭神）、彦太忍信命(ひこふつおしのまことのみこと)（岩栗神社の御祭神）。()

垂仁天皇の御代、天皇が田道間守(たじまもり)に「非時香菓(ときじくのかぐのこのみ)」を常世の国（現在の中国江南地方）から持ってくるように命じ、それを持ちかえった田道間守がこの地に一株植えたのが始まり。７２年（景行天皇２年）の頃で、「非時香菓(ときじくのかぐのこのみ)」とは不老長寿の妙薬とされ、橘のことである。
後に、この地が「日本で最初の橘の渡来地である」とのことから「橘の宮」と称され、人々に親しまれた。()

その後、称徳天皇(しょうとくてんのう)の御代（７７０年）、橘嶋田麻呂が訪れ、第３１代敏達天皇皇子難波王、７世の皇孫葛城王橘諸兄命(たちばなのもろえのみこと)を祀り、香橘神社(こうきつじんじゃ)となった。()

（左上）中嶋神社　菓子の神・菓祖として、また柑橘の祖神としても信仰される田道間守(たじまもり)を祀る。()