御祭神は第８２代後鳥羽天皇、第８３代土御門天皇（後鳥羽天皇第一皇子）、第８４代順徳天皇（後鳥羽天皇第三皇子）。神仏霊場大阪２１番。()

もともと後鳥羽上皇造営の水無瀬離宮のあったところ。上皇は鎌倉幕府執権北条氏の専横を憤り、１２２１年５月倒幕の兵を挙げる（承久の乱）。しかし関東の大軍に敗れ、その結果、後鳥羽上皇は隠岐に、順徳天皇は佐渡に、土御門上皇は土佐（後に阿波）に遷御になり、ついには都に戻ることなくいずれも遠隔の地で崩御となった。
後鳥羽上皇は崩御の１４日前に朱肉の御手印を押した置文（遺言）を水無瀬離宮を管理していた水無瀬信成、親成父子に後生を弔うように書き残した。
上皇崩御の後、藤原信実を召して描かしめた上皇の御影を拝領し、離宮の地に御堂を建ててその菩提を弔ったのが水無瀬御影堂である。その後１８７３年官営中社に列せられ水無瀬宮とし、同時に土御門、順徳両天皇の御霊も共に祀られた。１８８１年後鳥羽天皇７００年式年に当たり官営大社に昇格し神宮号を賜る。()

（上と左下）離宮の水　近くに水無瀬川、水無瀬の滝などがあり、地下水に恵まれている。手水舎の井戸から湧き出る水は、１９８５年に環境庁より名水百選の一つに指定される。()

（右上）石川五右衛門の手形　文禄年間の大盗石川五右衛門が、神宝の大刀を盗もうと数日間忍びうかがっていたが、神威にうたれ一歩も門から中に入れず、神門の柱に手形を残して立ち去ったと伝えられる。()