１９３６年（昭和１１年）に招魂社として創建され、１９３９年（昭和１４年）に護国神社と改称、翌年７月に内務大臣指定護国神社となり、県社相当の社格を与えられた。日清日露戦争以降、先の大戦までの国難に殉じた沖縄県出身の軍人、軍属をはじめ、沖縄戦にて散華された一般住民並びに本土出身の御英霊を祀る神社である。()

１９４１年（昭和１６年）に本殿改修工事が修了し、同時に拝殿、新饌所も建立された。しかし１９４５年（昭和２０年）の沖縄戦で被災し、戦後は本殿ほか一部の施設のみを残す状態であった。その後、沖縄戦での戦没者を祀るとし、１９５９年（昭和３４年）に仮社殿の建立、靖国神社より全国の御英霊の御霊代を奉移し例大祭が斎行された。()

１９７２年（昭和４７年）５月の沖縄本土復帰を機に県へ宗教法人認証申請の結果、翌年１２月１８日宗教法人沖縄県護国神社として認証された。現在の社殿は１９６５年（昭和４０年）に建立されたものである。()