御祭神は八十枉津日神(やそまがつびのかみ)、大直日神(おおなほびのかみ)、住吉三神（底筒男神(そこつつのをのかみ)・中筒男神(なかつつのをのかみ)・表筒男神(うはつつのをのかみ)）、大地海原諸神(おほとこうなばらもろもろのかみ)。
人皇初代神武天皇東遷の途次、海女黒砂(いさご)・真砂(まさご)の二神が、速吸の瀬戸の海底から大蛸が守護してきた神剣を取り上げて天皇に奉献し、その神剣を御神体として天皇自ら古宮の地に奉斎し、建国の大請願をたてたのが始まりという。()

７０１年に現在の社地に遷座。９２７年、延喜式を制定するに当り式内社に列せられ、爾来、諸災消除、厄除開運の神として皇室を始め諸大名の崇敬厚く、遠近の諸人も伊勢神宮になぞえて関大神宮又お関様（関権現）とも称し、伊勢神宮に参拝することを参宮、当社に参詣することを半参宮ととなえ、多くの信仰をあつめて今日に及ぶ。()

１６００年、兵火によって社殿、宝物一切を焼失したが、１６０２年に加藤清正が当地を領するに当り社殿を再建、後の藩主細川公の再建修築に係る建造物多数現存し、１９７３年（昭和４８年）に社殿改修、社務所、参集殿の新築工事竣工により神社の荘厳さをさらに加える。２００４年３月に本殿、総門および当社社家（小野家住宅）の３件が大分県指定有形文化財となった。()