曹洞宗。山号は城持山(じょうじざん)。本尊は薬師如来。
九州四十九院薬師霊場第３６番札所。()

もとは養性庵と称した。
現薬王寺の背後にある丘陵地に井手平城があった。１５８６年に大村・有馬の連合軍に敗れて落城、城主の岡甚左衛門を筆頭に城兵のほとんどが戦死した。１５９２年、これを哀れみ藩主の松浦隆信が養性庵を移転、洞谷山を城持山と改称し、再建して、戦死者の霊を弔ったのが薬王寺の始まりという。
その後、元禄年中（１６８８〜１７０４年）城跡の現在地に移転、平戸瑞雲寺９世大虚舜道和尚を中興開山に迎え、併せて井手平城合戦の戦死者の追善供養が営まれたという。()