御祭神は天津彦火火瓊瓊杵尊(あまつひこほほににぎのみこと)、鵜葦草葺不合尊(うがやふきあえずのみこと)、神日本磐余彦尊(かむやまといわれひこのみこと)。
創建は成務天皇の御代と伝えられる。()

当社は古く権現と称され、その後、神武天皇を宇佐八幡と崇めたことから奈古八幡宮の勅号を得、また古来より吾田長屋という地名にちなんで長屋神社とも呼ばれ、明治４年に奈古神社と改称されている。
明治初期には、本殿の他に末社八社が並存していた。()

（左上）三千日垢離成就塔(ごりじょうじゅとう)
奈古神社古文書（１７４７年記載）によれば、天正年中（１５７３〜１５９２年）、伊東家（都於郡城主）から嫁入りして当社宮司の妻となった人が、夫の死後、女性にも関わらず神事を司り、男性になることを願い、三千日海水で滌身(じょうしん)修行をしたところ、胸毛が生えてきて、男体のようになったという不思議な伝説がある。境内の塔は七千日とも読めるが、案内看板には三千日として紹介されている。要は七千日もしくは三千日に及ぶ（水）垢離（＝禊）を行い、悲願成就した記念碑と考えられる。()