御祭神は天照皇大御神(あまてらすすめおおみかみ)。
創建の年月は詳らかではないが、当社に伝わる「神明記」その他の古文書によれば、日向の国高千穂に皇孫瓊々杵尊(ににぎのみこと)が天降しとき、千畳敷の磐石にて絶景の大海原を眺望し、皇祖天照大御神を奉祀、平安を祈念した伝えられ、後世に御殿の霊石のあった所に一宇を建て、皇大御神を勧請し村中の鎮守にしたという。()

また神武天皇御東征の折、皇大御神を奉斎する御殿（現在の大御神社）に武運長久と航海安全を祈願したと伝えられている。
その後、当社は日知屋城主伊東氏ら歴代城主、また延岡城主等に尊崇され、地方の民も「日向のお伊勢さま」と呼んで崇敬した。
大御神社の社名は、天照皇大御神(あまてらすすめおおみかみ)の大御をいただいたと伝えられているが、古くは天照皇大神宮といわれていた。
現在の社殿は１９３８年（昭和１３年）１０月に全面改築されたもので、国登録有形文化財に指定されている。()

（上下）鵜戸神社　大御神社境内社。
御祭神は鵜葺草葺不合命(うがやふきあへずのみこと)、彦火瓊々杵命(ひこほのににぎのみこと)、彦火々出見命(ひこほほでみのみこと)、豊玉姫命(とよたまひめのみこと)、塩筒大神(しおつつのおおかみ)を祀る。
奉祀の年代は詳らかではないが、古くより鵜戸さまと御威徳を慕われ、安産、航海安全、交通安全、厄難消除、事業繁栄の御霊験あらたかとする。()