飛行原理を発見した二宮忠八が、飛行機事故殉難者の御霊を祀るために自宅地内に創設した神社。
饒速日命(にぎはやひのみこと)と磐船(いわふね)神社の分霊を正面社殿に祭神として鎮座、右の社殿には航空殉難者の霊を合祀、左の社殿には薬業に関係の深い薬祖神を祀る。()

二宮忠八は１８８７年（明治２０年）丸亀で入隊、そこで演習中に鳥の飛ぶ姿を見て飛行原理の発見をした。以後研究を重ねて１８９１年（明治２４年）にゴム動力プロペラ式飛行器の飛翔実験に成功した。その後も飛行機開発に取り組んだが、戦争や資金難で時を要した。
そして１９０３年（明治３６年）アメリカのライト兄弟が飛行機を完成、飛行に成功した情報に接し、忠八はこぶしを握りしめ無念の涙を流し、今飛行機を作ったとしても「欧米追従の飛行機」ライト兄弟の眞似をしたという評価しか受けないだろうと製作を断念したという。()

その後、世界は飛行機の時代へと動き、飛行機による犠牲者が多くみられるようになる。それを知った忠八は、同じ飛行機を志した人間としてこれを見すごすことはできないと、その霊を慰めるために１９１５年（大正４年）に現在地の自邸内に私財を投じて飛行神社を創建し、航空安全と航空事業の発展を祈願したのが当神社の起こりである。
現在の社殿、拝殿、資料館は１９８９年（平成元年）飛行原理発見１００周年を記念して、二宮忠八の次男二宮顕次郎によって建てかえられたものである。()