真言宗御室派の別格本山。山号は五智山。近畿三十六不動尊霊場第１５番霊場。
１０５７年御冷泉天皇の勅願により藤原康基が建立。その後、応仁の乱（１４６７年）の兵火にあい、鳴滝音戸山に移されたが、長い間荒廃が続いた。１６３５年江戸の豪商樋口平太夫家次翁は五智不動尊の霊夢に導かれ、発心入道して常信と名を改め、１６４１年荒廃していた蓮華寺の伽藍堂宇を再興し、仁和寺の宮覚深法親王（御水尾天皇皇兄）より改めて五智山蓮華寺の号を賜る。

１９２８年慈海大僧正により、寺院は現在の地に移され、１９５８年五智如来を始め離散していた石仏群は、集めて修復され境内に安置された。１６４１年、平太夫翁が蓮華寺再興に当たり、木喰僧・坦称上人に五智不動尊像の修理と五智如来の彫刻を依頼した。
きゅうりふうじで有名。

（上）五智如来　五大如来とも呼び、大日如来を中心とし、宇宙そのものを象徴したもので、太陽のごとく万物を慈しみ、知恵と五穀豊穣の功徳を表し、古来より庶民に深く信仰されてきた。
右より、
薬師如来：病魔を退散させ医薬の功徳を表す。
宝生如来：福徳財宝の功徳を表す。
大日如来：太陽を示し万物を慈五穀豊穣の功徳を表す。
阿弥陀如来：極楽往生の功徳を表す。
釈迦如来：知恵聡明の功徳を表す。