御祭神は木花開耶命(このはなさくやひめのみこと)。
「県」とは古代大和(やまと)王権の地方行政組織のことで、当社はこの地が属していた「宇治県」の守護神として創建されたと考えられている。
また、木花開耶命(このはなさくやひめのみこと)は別名吾田津姫(あがたつひめ)というので、これがなまって縣(あがた)神社になったともいう。()

宇治平等院の裏鬼門に鎮座し、１０５２年に藤原頼通が平等院を創建した際、その鎮守社になったと伝わる。
明治維新までは三井寺円満院の管轄下にあったが、これは平等院が三井門主の開眼にかかり天台宗に属していたためで、維新後の神仏分離令によってその管理からはなれた。()

毎年６月５日から６日未明にかけての例祭「県(あがた)祭」は、梵天が担がれ、ブン回しや差し上げなど勇壮に練り歩く大祭。梵天渡御では家々も明かりを落とすため、「暗闇の奇祭」とも称され、露店が多数出店し、数万人の見物客で賑わう。()

梵天渡御は本来、宇治神社御旅所→縣(あがた)神社（神移し）→宇治神社へ渡御→縣(あがた)神社（還幸祭）のルートで行われていたが、２００３年に還幸祭（最後の行程）が行われなかったことで御輿の担ぎ手である県祭奉賛会と縣(あがた)神社の関係がこじれ、２００４年から縣(あがた)神社が独自に梵天渡御を行うという分裂状態となった。
２０１４年は関係修復のために奉賛会が自粛する形で神社のみ梵天渡御を行ったが、その後も関係改善が成されず、２０１５年から再び分裂開催となっている。
これには以前よりあった宇治神社と縣(あがた)神社の対立が関係しているという。関西学院大学の調査によると、両神社の対立は１９６５年に顕在化し、１９６８年には裁判にまで発展、その後和解と対立が繰り返されていた。対立は、両神社間の縣(あがた)神社の立ち位置の違い、祭神観の違いの相違が原因といわれる。
縣(あがた)神社の立ち位置ついて「平等院との関係が切れた後は宇治神社との関係もなくなり完全に独立した神社になった」と縣(あがた)神社は考えるに対し宇治神社は、「縣(あがた)神社はもともと宇治神社の末社であり宇治神社の一部として存在している神社である」と考えている。また両者の祭神観の違いは、「木花開耶命(このはなさくやひめのみこと)を祭神とした独立した神社である」と考える縣(あがた)神社に対し、宇治神社側は、「縣(あがた)神社は宇治神社の祭神菟道稚郎子命(うじのわきのいらつこのみこと)の母神にあたる宮主矢河枝比売命(みやぬしやかわえひめのみこと)を祀る末社である」とする。この認識の違いに加え、祭の主導権争いや金銭的な問題もあったと見られている。()