本山修験宗(しゅげんしゅう)（山伏）の総本山。開基は増誉(ぞうよ)大僧正。近畿三十六不動尊霊場第１８番札所、神仏霊場京都３２番。
修験道は今からおよそ１３００年前、役行者(えんのぎょうじゃ)神変(じんべん)大菩薩(だいぼさつ)（６３４〜７０１年）が開いた宗旨だが、増誉(ぞうよ)大僧正はその法灯を継ぎ、１０９０年に白河上皇が熊野本宮に御参詣の際、御先達として案内し、その功により上皇よりこの地に一寺を頂き聖護院（聖を護った寺）とした。また増誉(ぞうよ)大僧正は上皇より熊野三山検校職(けんぎょうしょく)に補されると共に、全国の修験者の統轄を命じられた。
「神変(じんべん)大菩薩(だいぼさつ)」の諡号(しごう)（おくり名）は、光格天皇より宗祖の１１００年遠忌のとき、宗祖役行者に贈られたものである。全文御宸筆の勅書であり重要文化財に指定されている。()

後白河天皇の皇子静惠(じょうえ)法親王が宮門跡として第四代に入寺して以来、皇室よりの入寺が相次ぎ、明治維新まで聖護院宮として存続した。
聖護院は初め今の場所にあったが、応仁の乱（１４６７〜１４７７年）で焼けて以後、三度の火災に見舞われ、転々とし、現在の寺観は１６７６年後水尾天皇の皇子道寛法親王の時に再度復帰したものである。１７８８年と１８５４年の御所炎上の時、光格天皇、孝明天皇の仮皇居となり、この由緒で１９３６年に「聖護院旧仮皇居」として史跡に指定された。()