顕本法華宗総本山。山号は妙塔山。
１３８９年、日什(にちじゅう)大正師によって、京都六条室町坊門（現在の烏丸五条辺り）に開創された。釈迦牟尼佛を教主、日蓮大聖人を宗祖、日什大正師を開祖とし、日蓮大聖人が定めた大曼荼羅を御本尊、法華経を所依の経典とする。()

日什(にちじゅう)大正師は、もと天台宗の僧で玄妙といい、比叡山三千の学頭にまでなったが、故郷の会津で日蓮大聖人の教えに触れ、６７歳で宗を改め大聖人門下に入った。そして日蓮大聖人の遺志である帝都弘通を想い６８歳にして都に上がり、時の帝である後円融天皇に上奏、二位僧都の位と洛中弘法の綸旨を賜り、妙満寺を建立し根本道場とした。()

その後、妙満寺は応仁の乱など幾度かの兵火に遭い、そのつど洛中に寺域を移し興隆してきたが、１５８３年に寺町二条に移された。そして１９６８年（昭和４３年）に昭和の大遷堂で現在地に移った。()

（右上）安珍・清姫の鐘　１３５９年道成寺では安珍・清姫の伝説以来、永く失われていた鐘を再鋳し、鐘供養を盛大に営んだ。その席に一人の白拍子が現れ、呪力で鐘を落下させると、蛇身に変わり日高川へと姿を消した。その後、近隣に災厄が続いたため清姫のたたりと恐れた寺は鐘を竹林に埋めた。後にその話を聞いた秀吉紀州攻めの大将・仙石権兵衛秀久が掘り起こし、京都に運び込み妙満寺に納めた。当時の貫首・日殷大僧正の法華経による供養によって怨念を解かれたという。()