１０世紀初頭、学問の神様である平安時代の学者・菅原道真の父親・菅原是善の旧宅菅原院が、嵯峨天皇の皇子である源融の旧邸跡・六条河原院に場所を移し、歓喜寺となり、その鎮守社として道真を祀ったのが始まり。
その後、豊臣秀吉の都市計画で移転、１８７２年（明治５年）神仏分離令によって社が独立、現在に至っている。()

京の街のど真ん中にありながら、四季折々の花が咲き、地中からは良質な名水・錦の水がわき出ている。繁華街唯一の鎮守社として「知恵・学問・商才の神様」「招福・厄除け・災難除けの神様」として「錦の天神さん」と呼ばれ、親しまれている。()

錦小路通の寺町通と新京極通の間にある鳥居は１９３５年に建てられたもの。その後に両側のビルが建てられたため、ビルの中に鳥居の一部が入り込んでいる。()