黄檗宗。京都十二薬師霊場第９番札所。
本尊の薬師如来は７８２年伝教大師が１６歳の折に彫った七体の一つで、現存するのは延暦寺と同院のみという。当時、比叡山の五障三従(ごしょうさんじゅう)の女人禁制を嘆き悲しみ、美濃国（現在の岐阜県）横倉に一院を設け安置された。その後、鎌倉時代１２３０年に疫病が全土に流行して、貴族や民衆の区別なく死者が相次いだ。ある日のこと、この寺の住職の夢に本尊の薬師如来が現れ、「皆、わたしの前に来れば一切の病苦を取り除こう。来也(こぬか)、来也(こぬか)（不来乎(こぬか)、不来乎(こぬか)）。」と告げた。住職は感涙し、世にお告げを触れ回ったところ、遠国からも病人が集まった。そして本尊にお祈りするとたちまち病気は治った。以来、この本尊をこぬか薬師と称するようになった。その後、１６世紀に上洛を果たした織田信長が、ご利益を聞いて美濃から移した。()

１６８８年には黄檗宗の鉄面寂錬禅師が再興し、京都七薬師の一つに数えられた。一時は大黒町一帯にまたがる広大な境内を持っていたが、１８６４年の蛤御門の変で焼失、１８８９年に裏門を正面にして縮小再建された。


御朱印を待っている間、お茶と黄檗銘菓「布袋」という干菓子を頂きました（右上）。