御祭神は菅原道真公(すがはらのみちざねこう)。９３４年朱雀天皇の勅命により誕生の地に創建された最初の天満宮といわれる。菅公聖蹟(かんこうせいせき)二十五拝第４番。
この地は桓武天皇が平安京遷都の折、道真公の曾祖父古人卿(ふるひときょう)、祖父清公卿(きよきみきょう)がお供して都に入り、帝より領地として賜ったところ。８４５年６月２５日に是善卿(これよしきょう)の子として道真公（幼命阿呼・吉祥丸）が生まれ、幼少の頃から才智高く、８６２年に１８才で文章生に合格されるまではこの吉祥院に住んだ。その後、御所仕えのこともあり父是善卿のすすめで大内裏近く宣風坊（五条西洞院付近）に移り、勉学に励み、清公卿、是善卿につづき３３才の若さで文章博士になった。そして宇多天皇の特別の信任もあり学者としては初めて右大臣までなったが、その異例ともいえる栄達に有力者たちの不満が高まった。そして左大臣藤原時平の醍醐天皇への讒言により太宰権帥(ごんのそち)（副長官）として９０１年１月２５日に左遷されてからは、望郷の詩を幾篇となく綴り、京のことを想いつつ、９０３年２月２５日ついに冤罪を晴らすことなく、５９才で、病苦のうちに生涯を閉じた。()

天満宮として祀られてからは各地各層からの浄財の寄進は多額にのぼり社殿は雄壮になった。鳥羽天皇は１１０９年菅公２００年御忌の祭典を特別盛大に行なわせた。
その後、戦国時代や江戸時代は勅祭は廃止や規模が縮小されたが、１９０２年（明治３５年）の菅公千年祭以来は氏子崇敬者の篤い支援を得て逐次復興に努め、１９２８年（昭和３年）吉祥天女社の大修理、１９５３年（昭和２８年）本殿改築などが行われた。()

（上）菅公胞衣(えな)塚　道真公降誕された時の胞衣(えな)（へその緒）を埋めたところ。初宮詣りには天満宮本殿参拝の後ここに参り、赤ちゃんの鼻をつまんで泣かせ発声の初めとし、すこやかな成長と将来の成功を祈るならわしとなっている。()

（左上）硯(すずり)之水　菅公御幼少の頃、勉学・手習いに用いられたと伝える井戸で久しく涸れていた。近年篤志家の奉納により新たに境内に井戸を掘り、硯型の碑を建てた。()

（上）吉祥院（吉祥天女社）　御祭神は、吉祥天女、菅原清公卿、菅原是善卿、伝教大師、孔子。
８０４年道真公の祖父清公卿が遣唐使として唐へ向かう途中、にわかに暴風が起こり船が転覆しかけた時、同船していた僧最澄と共に吉祥天女に平安を祈ったところ、天女がたちまち空中に現れ風雨静まって無事使節の任を果たした。帰国後、吉祥天女の尊像を自ら刻み、８０８年庭上に一堂を建立して安置し、伝教大師にはかって開眼供養が行われた。そしてここを吉祥院と号して国家鎮護の祈願所・菅家守護の本尊とした。
応仁の乱のときは吉祥天尊像の焼失を恐れて土中に埋め難を逃れた。その後も建物は幾度となく焼失し、そのたびに浄財を集め再建が行われた。現在の吉祥天女社は１８５０年に再建されたもの。したがって創建の歴史は天満宮より１２０年余りも古く、２００８年には創建１２００年祭が行われた。()