御祭神は文徳天皇の皇子である惟喬親王(これたかしんのう)。別名惟喬社(これたかのやしろ)とも呼ばれる。
社名の玄武(げんぶ)とは、青竜(せいりゅう)、白虎(びゃっこ)、朱雀(すざく)とともに王城を守る四神の一つで、平安京の北にあることから北面の守護神として名付けられた。亀に蛇が巻き付いた形で描かれることが多い。()

当社の起こりは、親王の外祖父にあたる紀名虎(きのなとら)が所蔵していた親王寵愛の剣を、元慶年間（８７７〜８５）に、当時この地に住んでいた星野茂光が祀ったと伝えられている。
毎年４月の第二日曜日には、「玄武(げんぶ)やすらい花」（国重要無形民俗文化財）が行なわれる。この民俗芸能は平安時代の花の精の力による疫神封じ（花鎮め）に由来し、桜や椿で飾られた風流傘を中心に、鉦(かね)や太鼓の囃(はや)しにあわせて鬼や小鬼が町を踊り歩くもので、京都の奇祭の一つとして知られている。()